O detective máis famoso de Xapón, o mozo Shinichi Kudo, presencia un intercambio sospeitoso entre uns homes vestidos de negro. Tras descubrilo, Shinichi é atacado por un deses mafiosos, e adminístranlle un veleno co fin de matalo. Con todo o veleno ten un efecto inesperado: o corpo de Shinichi pasa a converterse no dun neno de 7 anos.
Agora, facéndose chamar Conan Edogawa e ocultando a súa verdadeira identidade con tal de protexer aos seus e a el mesmo dos Homes de negro, o novo detective trasládase a casa o seu pai: o detective Kogoro Mouri. Ningún deles sabe que Conan é, en realidade, Sinichi e este utilizará o seu secreto para resolver os casos do propio Mouri sen que ninguén o saiba.